与主板、中小板及创业板相比，企业申请在新三板挂牌转让的费用要低得多。新三板上市实行的注册制，从而也就意味着中介机构特别是券商将承担更大的责任，不比IPO可以由证监会来兜底责任。所以说新三板中介机构收取的费用与其承担的责任是不对称的，所以一直以来中介机构在呼吁提高费用。从2014年批扩容时 的挂牌费用一般在120万元左右(依据项目具体情况和主板券商的不同而上下浮动)。

   但是随着新三板的火爆，申请挂牌的企业呈爆发式增长，最多一天曾有134家企业提交挂牌申请的现象，截止2015年6月大部分的中介机构已签的挂牌辅导合同已基本饱和要工作安排到明年了。所以目前来说是中介机构是在优中选优的挑选企业了，象2014年刚开始新三板扩容时只要企业愿意都基本要以推荐挂牌的时 代已一去不复返了。

      另一方面，管理部门要求中介机构披露的事项变成了披露的同时发表明确意见，中介机构的工作量大增，要求更严格了。按要求，需作尽调(核查)过程描述、实事 (证据)列式、依法合理分析过程、结论性意见、补充披露情况等；反馈回复原则为过程留痕、事实翔实、意见明确、披露充分，责任的加大让中介机构提高收费也是顺理成章的事。因此，未来券商很有可能会酝酿价格变化或是服务结构的改变。

      鉴于以上情况的变化，从2014年下半年开始挂牌新三板费用也是在稳步的上扬，从2014年底的130万，到2015年春节后的140万，再到现在基本收费是在180万到200万之间，有些为了加快进度的会是200万以上。目前新三板挂牌的门槛也在无形中提高了，一些营收入和利润没有竞争优势的企业在 2014年基本是可以推荐挂牌的，但是到了2015年中基本来说过不了券商立项的这一关了，这除了挂牌企业爆发式增长外，政策的红利也基本没有了，所以有挂牌意向的企业建议还是尽早开始申请。

   另外，当地政府对新三板挂牌企业都有财政奖励政策，一般在50-200万元左右。